অতিরিক্ত টমেটো কিন্তু স্বাস্থ্য-ঝুঁকির কারণ হতে পারে। অবাক হচ্ছেন? অবাক হলেও এটা সত্যি যে অনেক খাবারে টমেটো থাকায় অস্বাভাবিক স্বাস্থ্য-ঝুঁকি দেখা দিতে পারে। যেমন: 

কিডনির রোগে ভুগছেন যারা
যাদের কিডনির রোগ আছে তাদের জন্য টমেটো ভয়াবহ৷ আরেকটু স্পষ্ট ভাষায় বললে টমেটোতে অক্সালেট নামক এক উপাদান কিডনিতে অক্সালেট পাথর গঠনে প্রভাব রাখে। যাদের কিডনিতে অক্সালেট পাথরের রেকর্ড আছে তারা অবশ্যই এড়িয়ে চলবেন টমেটো। 

অ্যালার্জি
টমেটোতেও অনেকের অ্যালার্জি থাকা অসঙ্গতিপূর্ণ নয়। এই অ্যালার্জি থাকলে চুলকানি, গাঁটে ব্যথা ও অ্যানাক্সিফেলিস হতে পারে। এই সমস্যা থাকলে টমেটো থাকা কোনো খাবার বাদ দিতে হবে। 

ওষুধের সঙ্গে পার্শ্বপ্রতিক্রিয়া
এটা খুব সাধারণ নয়৷ তবে টমেটো ওষুধের সঙ্গে পার্শ্বপ্রতিক্রিয়া করতে পারে। কিন্তু সব ওষুধ তো আর হয় না। রক্ত জমাট বাঁধা বা ওয়ারফারিনের মতো রোগের ক্ষেত্রে টমেটো সমস্যা করে। টমেটোতে থাকা ভিটামিন কে একটা সমস্যা। এই ধরনের রোগের ওষুধের সঙ্গে পার্শ্বপ্রতিক্রিয়া করে৷